Antigēna peptīdu atlases pamatprincipi

Lai sasniegtu vislabākos rezultātus antivielu ražošanā, ir rūpīgi jāizstrādā antigēna peptīds.
Dizainam jāatbilst pamatnosacījumam: imunizācijas procesa laikā antigēns neradīs pārmērīgu imūnreakciju, bet tajā pašā laikā tas var radīt antivielas ar spēju saistīties ar interesējošo proteīnu.
Lai gan antigēnu dizains ir ļoti sarežģīta tēma ar daudzām detaļām, kurām jāpievērš uzmanība, pamatojoties uz mūsu uzkrāto pieredzi, jūsu uzziņai var sniegt vairākus galvenos projektēšanas pamatprincipus.

Uzsākot jaunu pētniecības projektu, nepieciešams noskaidrot dažas interesējošā proteīna pamatīpašības, īpaši, ja proteīna struktūras pārzināšana būs ļoti noderīga, izvēloties atpazīšanas reģionus, kuriem antiviela var viegli piekļūt un atpazīt. Tomēr, ja nav šādas precīzas strukturālās informācijas (kas lielākoties tā ir), pētījuma mērķa izpratne ietekmē peptīdu dizaina stratēģiju. Piemēram: ja pētījuma uzmanības centrā ir dažādi proteīna reģioni, piemēram, C termināls vai N gals, vai olbaltumviela noteiktā stāvoklī, piemēram, fosforilēšanās utt., tad polipeptīdam, kas izstrādāts atbilstoši vajadzīgajai secībai, un atbilstošās antivielas pielietošanai nevajadzētu būt lielām grūtībām. Tomēr proteīna konformācija ietekmēs mijiedarbību starp antivielu un tās atpazīšanas reģionu. Iespējamā problēma šajā situācijā ir tāda, ka, ja salocītā proteīnā atpazīšanas apgabals ir paslēpts proteīna iekšpusē, antiviela nevarēs piekļūt šim reģionam. (Nevar mijiedarboties).

Vispārīgi runājot, ideālākajam antigēnu atpazīšanas reģionam jābūt hidrofilam, kas atrodas uz proteīna virsmas un strukturāli deformējamam. Tā kā lielākajā daļā dabisko vidi hidrofilie reģioni mēdz koncentrēties uz proteīna virsmas, savukārt hidrofobie reģioni bieži ir iesaiņoti proteīna iekšpusē. Tā paša iemesla dēļ antivielas var mijiedarboties tikai ar atpazīšanas reģioniem, kas atrodas uz proteīna virsmas. Ja šiem atpazīšanas reģioniem ir pietiekama strukturālā deformējamība, lai pārvietotos uz pozīcijām, kur antiviela var saskarties, tiem būs augsta afinitāte ar antivielu.

Nepārtraukts reģions attiecas uz atpazīšanas reģionu, kas sastāv no nepārtrauktām aminoskābju sekvencēm. Lielākā daļa antivielu ir vērstas pret nepārtrauktas atpazīšanas reģioniem. Antivielu spēja saistīties ar šādiem reģioniem ar augstu afinitāti norāda, ka šī secība nav proteīnā. Nepārtrauktās atpazīšanas apgabals attēlo polipeptīdu secību ar noteiktu kroku vai antivielas atpazīšanas reģionu, kas savieno divus atsevišķus polipeptīdus. Dažos gadījumos var ražot arī antivielas pret šādiem pārtrauktas atpazīšanas reģioniem, taču imunizācijai izmantotajam antigēna polipeptīdam ir jābūt sekundārai struktūrai, kas līdzīga pārtrauktās atpazīšanas reģionam, un sekvences garumam jāatbilst attiecīgajām prasībām.

Lai izvairītos no riska, ka atpazīšanas apgabals tiek paslēpts proteīnā, mēs parasti iesakām izvēlēties N, C atbilstošās antivielas, kas ražotas abos galos. Tā kā neskartās olbaltumvielās N, C Abi gali parasti ir pakļauti proteīna virsmai. Tomēr ir svarīgi atzīmēt, ka membrānas proteīni C Gals ir pārāk hidrofobs un nav piemērots kā antigēns.

Parasti mēs iesakām, lai antigēna polipeptīda sekvences garums būtu starp 8-20 aminoskābju atlikumiem. Ja tas ir pārāk īss, pastāv risks, ka peptīds būs pārāk īpašs un afinitāte (saistīšanās spēja) starp ražoto antivielu un dabisko proteīnu nebūs pietiekami spēcīga. Tāpat, ja sekvences garums pārsniedz 20, ir iespējams ieviest sekundāras struktūras un saražotās antivielas var zaudēt specifiskumu. Turklāt, jo garāka ir peptīdu ķēde, jo grūtāk to sintezēt, apgrūtinot augstas tīrības pakāpes produktu iegūšanu.

Pamatprincipi: pievienojiet nesējproteīnu galam, kas atrodas tālu no antivielu atpazīšanas reģiona, kas nav iekļauts secībā. Cys Ja N vai C gals plus Cys Vēlamā metode šķērssaistīšanai.

MacVecfor TM; DAN zvaigzne TM; PC-Gene TM