Līdz šim no dažādiem organismiem ir izolēti vairāk nekā 200 pretmikrobu peptīdu, no kuriem vairāk nekā 170 ir iegūti tikai no kukaiņiem. Šos peptīdus klasificē, pamatojoties uz to izcelsmi un strukturālajām īpašībām.
Lineāri peptīdi ar spirālveida struktūru
Cecropins bija pirmie atklātie dzīvnieku pretmikrobu peptīdi; tos no Amerikas zīdkožu (*Hyalophora cecropia*) kūniņām izdalīja Boman et al. 1980. gadā.
Lineāri peptīdi, kas bagāti ar specifiskām aminoskābēm
Apidaecīni ir ar prolīnu{0}}bagātas peptīdu antibiotikas, kas izolētas no medus bitēm. Tie parasti sastāv no 16–18 aminoskābju atlikumiem ar prolīna saturu līdz 33% un arginīna saturu līdz 17%. Apidaecīniem ir spēcīga iedarbība pret noteiktām gram-negatīvām baktērijām, bet tie nav efektīvi pret gram{8}pozitīvām baktērijām.
Peptīdi, kas satur vienu disulfīda saiti
Šī ir neliela pretmikrobu peptīdu klase. Pirmais atklātais šāda veida peptīds bija baktencīns, kas iegūts no liellopu neitrofiliem. Tas satur 12 aminoskābes -tostarp četrus arginīna atlikumus- un veido disulfīda saiti starp otro un vienpadsmito atlikumu.
Peptīdi, kas satur divas vai vairākas disulfīda saites
Defensīni ir šīs klases prototipiski pārstāvji. Sākotnēji atklātie -defensīni, kas iegūti no zīdītāju audiem, parasti satur 29–34 aminoskābju atlikumus; seši konservēti cisteīna atlikumi veido trīs intramolekulāras disulfīda saites. Turklāt tiek saglabāti arginīna atlikumi 6. un 15. pozīcijā, kā arī glicīna atlikumi 24. pozīcijā.
Lantibiotikas
Lantibiotikas ir peptīdu antibiotikas, ko ražo baktērijas; tie ir ģenētiski kodēti, sintezēti ribosomās un tiek pakļauti pēc-translācijas modifikācijām, lai iekļautu konkrētas organiskās grupas. Nisins ir visplašāk pētītais no tiem.
